Fue un niño prodigio aunque no sólo preocupado por sus libros; en la escuela humanística de Pforta, un centro docente muy prestigioso en toda Europa donde ingresó becado por la ciudad de Naumburgo, dejó constancia de su inmensa capacidad de estudio y su clara inteligencia, pero también de su carácter abierto y alegre, por el que varias veces fue severamente castigado. De esa época se conservan ensayos de composición musical en los que ya se advierten su agudeza y la sensibilidad de artista que caracterizó toda su obra posterior.
Su respeto a las formas y costumbres propias del ambiente de religiosidad estrictamente ortodoxa en que fue educado, supuso para él un lastre, que sólo alcanzó a romper parcialmente, con su viaje a Bonn y a Leipzig, donde, por deseo de su madre, comenzó a estudiar teología. Sin embargo allí descubre la filología y más tarde la filosofía a través de Arthur Schopenhauer (1788-1860). Su formación como filólogo le proporcionó el método científico y la ética del pensador, pero también lo alejaron transitoriamente de su verdadera vocación de filósofo.
A los veinticuatro años fue nombrado profesor de filología en la Universidad de Basilea, lo que significó un triunfo para él pero también le implicó aceptar cargas y deberes, ligaduras que, como él mismo dijo, le "impiden volar" aunque fueron "los días más bellos de mi vida, santificados por la amistad con Wagner", a quien admiraba profundamente. Fue para Nietzsche la primera metamorfosis: su espíritu sobrecargado de respeto a la cultura tradicional, a la moral del ambiente, a las normas de una disciplina científica y a las obligaciones de una cátedra. "El espíritu en quien domina el respeto pregunta: ¿Qué es lo más pesado?, y se arrodilla como un camello y recibe la carga más pesada". De todas maneras, durante ese período fue abandonando la religión tradicional, la fe cristiana, un cierto nacionalismo, una cierta simpatía por Otto von Bismarck (1815-1898) y el imperio prusiano, lo que, inevitablemente, lo fue dejando cada vez más solo.
En agosto de 1870 obtuvo permiso para servir en el bando prusiano durante la Guerra franco-prusiana, donde actuó como médico camillero. A pesar de que su paso por la milicia fue tan sólo de un mes, vivió múltiples experiencias como testigo de los efectos traumáticos de las batallas además de contraer difteria y disentería, enfermedades que le arruinarían la salud de por vida.
Cuando en 1871 escribió "Die geburt der tragödie" (El origen de la tragedia) se encontró con el repudio de sus colegas filólogos, que no aceptaron su intención de comprender el universo desde el punto de vista de su disciplina científica. El libro fue escrito en principio como homenaje al músico Richard Wagner (1813-1883) con un cierto tono romántico, pero ya demostraba la incompatibilidad del profesor público con el pensador privado.
Entre 1873 y 1875, Nietzsche publicó "Unzeitgemasse betrachtungen" (Consideraciones intempestivas), una crítica a la actualidad cultural alemana compuesta de cuatro grandes ensayos: "David Strauss, der bekenner und der schriftsteller" (David Strauss, el confesor y el escritor), "Vom nutzen und nachteil der Historie fur das leben" (Sobre la utilidad y los perjuicios de la Historia para la vida), "Schopenhauer als erzieher" (Schopenhauer como educador) y "Richard Wagner in Bayreuth" (Richard Wagner en Bayreuth).En este último manifestó algunas reservas respecto al espíritu wagneriano, y en 1876, en ocasión de la inauguración de los festivales de Bayreuth la ruptura fue definitiva: la atmósfera de carnaval, de gran gala circense, con discursos, desfiles oficiales y la presencia del viejo emperador, descorazonaron a Nietzsche. En Wagner él había visto el renacer de la cultura alemana, el arraigo de ésta en sus propias fuentes, el mito trágico germánico; pero en ese momento Nietzsche advirtió que Wagner y los wagnerianos también eran débiles y condescendientes con los filisteos de la cultura e incluso que ellos mismos eran filisteos (en la acepción de la palabra que remite a la persona de espíritu vulgar, de escasos conocimientos y poca sensibilidad artística o literaria). Su amistad con Wagner, sin embargo, fue siempre el mejor recuerdo de su vida: "Wagner es el único hombre al que yo he amado verdaderamente".
Rota esta amistad, desapareció también su salud y con ella su cátedra en Basilea. Nietzsche vivía en medio de terribles dolores de cabeza y de estómago, trastornos oculares y dificultades de palabra que ya no le abandonarían. Gracias a sus amigos, el compositor Peter Gast (1854-1918) y el teólogo Franz Overbeck (1837-1905), obtuvo una pensión de la universidad de Basilea y comenzó entonces su vida de viajero en busca de un clima favorable, Suiza, Italia, el sur de Francia, siempre acompañado por alguno de sus amigos.
En este tiempo descubrió el "yo quiero" frente al "yo debo". Su enfermedad le permitió romper con todas sus antiguas costumbres, cargas y respetos sin violencias, "ella me ha conferido el derecho a cambiar radicalmente mis hábitos". Abandonó los valores establecidos, "los fardos de la moral, la educación y la cultura han desaparecido cuando el camello se ha quedado en soledad, en el desierto. Es el camello convertido en león; el león derriba los ídolos, pisotea las ataduras y procede a la crítica de todos los valores establecidos". A partir de entonces, Nietzsche "quiere" su propia existencia, decide sus propios valores.
Así, apareció en 1878 "Menschliches, allzumenschliches"
(Humano, demasiado humano), un libro en el que desmontó pacientemente todos y cada uno de los credos supuestamente eternos: la verdad, la justicia, el amor, la amistad, el bien, el mal, Dios. Para Nietzsche todos estos ideales resultaban ser muy humanos, demasiado humanos, y los desentrañó implacablemente con fría agudeza. A pesar de estar cada día está más enfermo, prosiguió su tarea de crítica total: "Der wanderer und sein schatten" (El viajero y su sombra, 1879), "Morgenröthe. Gedanken über die moralischen vorurtheile" (Aurora. Reflexiones sobre los prejuicios morales, 1880) y "Die fröhliche wissenschaft" (La gaya ciencia, 1882) fueron sus siguientes obras.
Si "Humano, demasiado humano" representó un momento de crisis, la lucha y la destrucción por parte del león -utilizando su propia metáfora- de la religión, el arte, la cultura y la moral, en definitiva, su segunda metamorfosis, "Aurora" y "La gaya ciencia" fueron el preludio de la tercera, el león que experimenta, se aventura y ensaya. En estas obras apareció el "espíritu libre" sereno, desenvuelto, audaz y burlón. El espíritu que no retrocedía ante nada, que experimentaba con todo poniendo un punto de interrogación en todas partes, preferentemente en todas las cosas más altas y veneradas. No tuvo recato ni respeto alguno y menos frente aquello a lo que el mundo le daba más importancia; era el espíritu frío que "corta la carne de la vida" buscando una verdad libre de ilusiones, aunque fuese mortal y terrible. Allí resonó por primera vez la idea terrible de la muerte de Dios, pero también el anuncio consolador de la voluntad de poder, el anuncio de que el hombre puede crear. En ese momento de exaltación apareció "Also sprach Zarathustra" (Así habló Zaratustra, 1883/1885).
Nietzsche continuaba padeciendo terribles dolores, pero su "entusiasmo" le permitía olvidarlos: "las cosas vinieron hacia mí y se me ofrecían como símbolos". Es la etapa en la que llevó la crítica a un nivel sin precedentes, transmutando todos los valores con "Jenseits von gut und böse" (Más allá del bien y del mal, 1886) y "Zur genealogie der moral" (Genealogía de la moral, 1887).
1888 fue un gran año para el filósofo: escribió "Götzen dämmerung" (El crepúsculo de los ídolos), "Der fall Wagner" (El caso Wagner), "Der Antichrist" (El Anticristo) y "Ecce Homo. Wie man wird was man ist" (He aquí el hombre. Cómo se llega a ser lo que se es), obras todas éstas impregnadas de un tono violento e irónico. Pero también ese año Nietzsche tuvo un colapso mental y el día de su cumpleaños, perdida ya la razón, fue detenido por provocar desórdenes en las calles de Turín. En los días siguientes, escribió cartas a Cósima Wagner (1837-1930) y Jacob Burckhardt (1818-1897), en las que mostraba signos de demencia y megalomanía.
Probablemente la locura fue para Nietzsche un refugio y una máscara más. El lo había dicho mucho tiempo antes: "A veces la locura es sólo una máscara que oculta un saber fatal y demasiado seguro". Los últimos días del año 1888 fueron de inquietud y desasosiego; tan pronto se exaltaba eufórico, como atravesaba momentos de depresión mortal. El 3 de enero de 1889, su amigo Overbeck consigue llevárselo a Basilea, donde se dejó internar. Se le diagnosticó una parálisis progresiva y su madre lo llevó entonces a Jena. Allí vivió los últimos años de su vida, con momentos de relativa lucidez entre crisis y crisis, pero al parecer completamente olvidado de su obra, aunque no de la música, que componía todavía a veces. En 1897, a la muerte de su madre, su hermana se hizo cargo de él, trasladándolo a Weimar donde murió, el 25 de agosto de 1900, sin haber recobrado la razón.
Tras su fallecimiento, su hermana manipuló sus escritos, aproximándolos al ideario del nazismo, que no dudó en invocarlos como aval de su ideología. Esta lectura es negada por muchos estudiosos que la atribuyen a una mala interpretación de su obra. Al igual que Soren Kierkegaard (1813-1855), Nietzsche fue un apasionado defensor del individualismo y a su concepto de superhombre se le reprochó ser el fruto de un intelectual que se desenvolvió en una sociedad de amos y esclavos. De allí que se lo haya identificado con las filosofías autoritarias.
Nietzsche ejerció una enorme influencia sobre la literatura alemana. Sus conceptos han sido discutidos y ampliados por los filósofos alemanes Karl Jaspers (1883-1969) y Martin Heidegger (1889-1976), el filósofo judío alemán Martin Buber (1878-1965), el teólogo germano-estadounidense Paul Tillich (1886-1965), y los escritores franceses Jean Paul Sartre (1905-1980) y Albert Camus (1913-1960).