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En 1840, recibido de bachiller, viajó a París con la intención de estudiar Derecho. Allí trabó amistad con Victor Hugo (1802-1885), con quien realizó un viaje por Italia y, tras el regreso, retomó sin demasiado entusiasmo sus estudios. Durante el viaje mantuvo un breve idilio con una prostituta de Marsella, lo que reflejaría en su novela "Novembre" (Noviembre) de 1842. Mientras era un mediocre estudiante en La Sorbona, no abandonó su gusto por los clásicos griegos y latinos, y escribía ya su primera gran novela, "La tentation de Saint Antoine" (La tentación de San Antonio), que se publicaría recién en 1874. Frecuentando los cenáculos literarios parisinos conoció a la poetisa Louise Colet (1810-1876), quien se convertiría en su musa y amante por espacio de casi diez años.
En 1844 sufrió varios ataques de epilepsia, lo que lo llevó a abandonar definitivamente sus estudios de Derecho y viajar a Croisset, cerca de Rouen, donde se instaló en un casa propiedad de su familia. Entre 1849 y 1851 viajó a Egipto, Palestina, Siria, Grecia e Italia en compañía de un amigo, el también escritor Maxime Du Camp (1822-1894), una experiencia que le inspiró los escenarios para su novela "Salammbó" (Salambó), publicada en 1862, y también le dejó la enfermedad que lo atormentaría por el resto de sus días: la sífilis, probablemente contraída en su relación con una prostituta egipcia. En 1851, ya instalado definitivamente en Croisset y por espacio de cuatro años y medio, se dedicó a la escritura de "Madame Bovary", que comenzaría a ser publicada en 1856 en "La Revue de Paris", fundada por su amigo Du Camp, durante seis números consecutivos a cambio de 2.000 francos. "Aquella casa fue su centro vital, donde regresaba de sus viajes en el extranjero o de sus estancias en París -dice el escritor rumano Vintila Horia (1915-1992) en "La vie et l'ouvre de Gustave Flaubert" (La vida y la obra de Gustave Flaubert, 1980)-. Residir y trabajar en el campo, lejos del bullicio de las ciudades, había sido el ideal de muchos escritores, desde el Renacimiento hasta el Romanticismo. La naturaleza, de este modo, se infiltra en las obras literarias y artísticas, hasta introducirse de manera dominante en la poesía y la prosa de los románticos".
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Sin embargo, aquellos años a mediados del siglo XIX, fueron tiempos de profundas transformaciones. La naturaleza influía aún en la imaginación de los escritores, lo mismo que en los científicos y los filósofos, pero siguiendo moldes completamente distintos de los seguidos en el pasado. Mientras los románticos tomaban a la naturaleza como algo fantástico, misterioso, relacionado con los sentimientos, lo inconsciente y el sueño, la nueva escuela positivista en la filosofía, evolucionista en la ciencia, naturalista en la literatura y socialista en la política, fue transformando la visión que el hombre se había hecho de su entorno.
Estos novedosos elementos forjaron nuevos ideales para las sociedades europeas, cada vez más apegadas a las cosas materiales, al enriquecimiento personal, y cada vez más alejadas del idealismo romántico, lo que impuso a los escritores técnicas y temas distintos de los utilizados por sus predecesores. Así surgieron autores como Honoré de Balzac (1799-1850), escribiendo sobre el hombre tentado por el demonio del dinero y deformado por el deseo de la posesión, y Fedor Dostoievski (1821-1881), haciendo lo propio sobre sus angustias y profetizando su derrotero signado por la superstición y la barbarie. "Es asi como hay que enfocar a Emma Bovary -dice Horia en la obra citada-, para comprenderla sin equivocarse: es decir, como a un personaje mal asentado en un sentimentalismo de origen romántico, en un lirismo mal digerido, fruto de lecturas nocivas y de ideales equivocados, fomentadores de ilusiones y de muerte".
Para hacer literatura más allá del romanticismo, Flaubert sencillamente imitó el sendero positivista de las ciencias. En sus viajes a París o a través de sus lecturas, conoció las novedades que esta corriente estaba imponiendo tanto en la ciencia como en el arte y la literatura, sobre todo de la mano del filósofo e historiador Hippolyte Taine (1828-1893), autor de obras como "De l'intelligence" (Sobre la Inteligencia), "Histoire de la littérature anglaise" (Historia de la literatura inglesa) y "Philosophie de l'art" (Filosofía del arte), de una fuerte y duradera influencia sobre sus contemporáneos. Taine proponía el método experimental para acercarse a la naturaleza con el fin de conocerla y explicarla. Así, el objeto de estudio -ya sea el mundo objetivo para los filósofos, la mente para los psicólogos o el cuerpo humano para los médicos- era algo que había que dividir en fragmentos importantes y significativos para estudiarlos debidamente, tomando notas y seleccionando lo observado.
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Siguiendo este razonamiento, el hombre, como objeto de los novelistas, "tendrá que ser dividido en parcelas, como cualquier fragmento de la naturaleza exterior -explica Horia-, y colocado en el marco general de lo que le da vida y sentido, que es la civilización en que existe y se desarrolla. La literatura no puede ser más que algo determinado por tres causas generales: la raza, el ambiente físico o histórico y el momento, o sea el tiempo en que un acontecimiento literario se produce". Para el biógrafo rumano, Flaubert -lector y admirador de Taine- padeció la influencia de su momento histórico hasta tal punto que su "Madame Bovary" trató de ser un espejo objetivo de un alma humana, estudiada, enfocada y contemplada según las normas y el método seguido por la ciencia. Emma Bovary vino a demostrar a los lectores lo peligroso que era vivir fuera de su tiempo, en el ocaso del romanticismo; ella fue una mujer que no pudo seguir viviendo porque se encontraba atada a vínculos ineficaces y peligrosos del pasado.
En enero de 1857 Flaubert tuvo que presentarse ante un juez para defenderse de la acusación de pornografía y ofensas a las costumbres y a la moralidad. El Tribunal correccional de París lo absolvió poco después, de manera que el libro pudo aparecer en las librerías -con una tirada inicial de 6.600 ejemplares- y el proceso en su contra, en definitiva, no hizo más que contribuir al mayor éxito de la obra, tanto de parte de la crítica como del público. Cinco años después había vendido casi 30.000 ejemplares y su autor se convirtió en uno de los grandes paradigmas literarios de todos los tiempos. Sin embargo, la prensa conservadora continuó sus ataques y lamentó el resultado del proceso, lo que produjo en el autor un notorio malhumor. Como contrapartida, toda la élite literaria parisina reconoció sus méritos y se honró con su amistad: Charles Sainte Beuve (1804-1869), Aurore Dupin -George Sand- (1804-1876), Théophile Gautier (1811-1872), Iván Turguenev (1818-1883), Edmond de Goncourt (1822- 1896), Ernest Renan (1823-1892) y Alphonse Daudet (1840-1897), entre otros, fueron habituales visitantes de su casa de Croisset.
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