Es evidente que la llegada europea a las costas americanas produjo un avance notable de la humanidad, pero el progreso no puede ocultar la magnitud de la sangre derramada y el saqueo impulsado por las potencias europeas de la época.
Pueden rastrearse los primeros pasos de la sangrienta conquista hacia 1483, cuando Cristóbal Colón propone a Portugal alcanzar la India por el Atlántico, dado el encarecimiento de los productos orientales y la inseguridad de las rutas terrestres utilizadas hasta entonces para su transporte. El perfeccionamiento de la cartografía y del transporte marítimo con la invención de la brújula y la construcción de las primeras carabelas, así como la idea de la esfericidad de la Tierra, son las condiciones que permiten, en teoría, realizar la empresa con posibilidades de éxito. Al ser rechazado el plan por Portugal, Colón llega a España dos años más tarde y establece relación con Luis de la Cerda y de la Vega (1438-1501), duque de Medinaceli y conde del Puerto de Santa María; con los frailes del monasterio de La Rábida, en la provincia de Huelva; con los hermanos Martín Alonso Pinzón (1440-1493) y Vicente Yáñez Pinzón (1461-1515) marinos expertos de Palos de la Frontera y con el navegante Pedro Alonso Niño (1468-1502). En 1486, tras la primera entrevista con los Reyes Católicos, celebrada en Alcalá de Henares, Colón logra el apoyo de Luis de Santángel (1435-1498), tesorero de la Santa Hermandad y contable de la Real Casa, quien de su fortuna personal anticipó 1.140.000 maravedíes, de la cantidad que los Reyes tenían que aportar a la empresa para armar la flota expedicionaria, pero la Junta que estudia el proyecto lo desecha. Recién seis años más tarde, en 1492, se produce una nueva entrevista con los monarcas en Granada: las condiciones económicas y las prerrogativas que exige Colón son finalmente aceptadas en las Capitulaciones de Santa Fé. Así, obtiene los títulos vitalicios y hereditarios de Virrey, Almirante y Gobernador, con poderes jurisdiccionales sobre las tierras a descubrir y se le adjudica el 10% de las riquezas halladas. El 3 de agosto salen del Puerto de Palos, en Huelva, las carabelas "Pinta", "Niña" y "Santa María" con unos 100 hombres: el 12 de octubre descubren la isla Guanahaní (más tarde llamada San Salvador), Cuba y Santo Domingo; en esta última se funda el fuerte Navidad, primer establecimiento europeo en el continente americano.
En 1493 Colón regresa a España. Desembarca en Barcelona y se entrevista con los reyes en el mes de abril. El 25 de septiembre parten de Cádiz diecisiete nuevas carabelas, las cuales transportan al Nuevo Mundo 1.500 hombres con instrucciones para la evangelización, comercio y colonización de esas tierras. Se funda la primera ciudad, llamada Isabela en honor de la Reina Católica en medio de las ruinas del fuerte Navidad, destruido por los indígenas. Se realizan viajes a Cuba -que Colón cree ser la India- y a Jamaica, para regresar luego a Santo Domingo, entonces llamada La Española, donde el gobierno de Colón produce descontento. Allí se plantea el problema de la esclavitud indígena.
En el mes de octubre de 1495, desde la metrópoli se envía a La Española un representante real; Colón entrega el gobierno a su hermano Bartolomé y regresa a España para defenderse de las acusaciones que se le hacen. El 30 de mayo de 1498, Colón realiza su tercer viaje al Nuevo Mundo. Salen de Sevilla y Sanlúcar de Barrameda seis carabelas, que siguen dos rutas: una va hacia La Española, y la otra hacia el suroeste, descubriendo la desembocadura del río Orinoco. En el mes de agosto llegan a distintos puntos del continente, que Colón sigue creyendo ser las Indias orientales.
El 22 de abril de 1500, el portugués Pedro Alvares Cabral (1467-1526) descubre el Brasil, al tiempo que Vicente Y. Pinzón llega a su costa nordeste y a las bocas del río Amazonas. El cartógrafo Juan de la Cosa (1450-1509) traza el primer mapa de las tierras exploradas. Mientras tanto en La Española, Francisco Roldán Jiménez (1462-1502), quien gozaba del favor de la Corona española, encabeza una sublevación contra los hermanos Colón, por lo que los reyes envían con plenos poderes a Francisco de Bobadilla (1450-1502) en calidad de juez pesquisidor.
A la llegada del administrador real, Colón fue arrestado. Al llegar a España, en 25 de noviembre de 1500, fue puesto en libertad, pero perdió su prestigio y sus poderes, salvo los títulos de Virrey y Almirante.
Dos años más tarde, en 1502, Nicolás de Ovando es enviado a La Española como gobernador de la isla, con amplios poderes judiciales y logra pacificar la isla. El 11 de mayo, Cristóbal Colón sale de Cádiz con cuatro carabelas, iniciándose así su cuarto viaje. Se le han renovado todos sus privilegios, pero se le prohibe dirigirse a La Española, por lo que se dirige a la costa centroamericana (actuales Honduras y Panamá).
Entre los años 1505 y 1508, se estudia la posibilidad de hallar un paso a través del continente que conduzca a las Indias orientales y se crea el puesto de Piloto Mayor, para el que es nombrado el afamado marino italiano Américo Vespucio (1454-1512), al tiempo que continúan los viajes menores de exploración y conquista de América.
En 1513, mediante el establecimiento de compañías comerciales y el apoyo financiero de la Corona o de algunos banqueros extranjeros, Alonso de Ojeda (1468-1515), Américo Vespucio, los hermanos Pinzón, Juan de la Cosa, Alonso Niño y otros marinos recorren las costas americanas, desde el Brasil hasta las Antillas mayores: Trinidad, Venezuela, Colombia, Panamá, las bocas del Amazonas y el Orinoco. Hernán Cortés (1485-1547) participa en la expedición de Diego Velázquez de Cuéllar (1465-1524) a Cuba, en la que no ocupa un cargo militar, limitándose a desempeñar funciones burocráticas. En Cuba ejerce actividades muy diversas: es agricultor, ganadero, buscador de oro y negociante. Vasco Núñez de Balboa (1475-1519) cruza el istmo de Panamá y descubre el océano Pacífico.
En 1513, mediante el establecimiento de compañías comerciales y el apoyo financiero de la Corona o de algunos banqueros extranjeros, Alonso de Ojeda (1468-1515), Américo Vespucio, los hermanos Pinzón, Juan de la Cosa, Alonso Niño y otros marinos recorren las costas americanas, desde el Brasil hasta las Antillas mayores: Trinidad, Venezuela, Colombia, Panamá, las bocas del Amazonas y el Orinoco. Hernán Cortés (1485-1547) participa en la expedición de Diego Velázquez de Cuéllar (1465-1524) a Cuba, en la que no ocupa un cargo militar, limitándose a desempeñar funciones burocráticas. En Cuba ejerce actividades muy diversas: es agricultor, ganadero, buscador de oro y negociante. Vasco Núñez de Balboa (1475-1519) cruza el istmo de Panamá y descubre el océano Pacífico.
Juan Díaz Solís (1470-1516) realiza en 1515 expediciones por las costas uruguayas y el río de la Plata buscando un paso entre los océanos Atlántico y Pacífico, al tiempo que se produce un retroceso de los conquistadores españoles ante los indios y, tres años después, Diego Velázquez confía a Hernán Cortés el mando de una expedición cuyo objetivo lejano es la conquista del imperio azteca. El conquistador extremeño parte de la ciudad de Santiago en el mes de noviembre, antes de la fecha prevista, con once barcos y 700 hombres.
En 1519 se produce la primera circunnavegación de la Tierra: Fernando de Magallanes (1480-1521), portugués al servicio de Castilla, alcanza por occidente las islas de las Especias. Uno de sus cinco navios, el "Victoria", al mando de Juan Sebastián Elcano (1476-1526), regresará a Sevilla tras una travesía de 1.124 días. Queda probada así, la esfericidad de la Tierra. Mientras tanto, la expedición de Hernán Cortés se dirige a la península de Yucatán. En Tabasco, los españoles tienen su primer choque armado con los indígenas, a los que vencen. Hernán Cortés funda Veracruz, rompe con el gobernador de Cuba y se alía con los tlaxcaltecas, indígenas enemigos de la hegemonía azteca, para iniciar la penetración hacia el interior de México. En el mes de noviembre, las huestes de Cortés llegan a la capital azteca, Tenochtitlán, siendo bien recibidas por el emperador entonces reinante, Moctezuma Xocoyotzin (1466-1520), que se reconoce vasallo del rey de Castilla.Sin embargo, en 1520 se produce la sublevación de Tenochtitlán, ante la conducta de los españoles, poco respetuosos con las creencias religiosas de los indígenas. Ni la intervención de Moctezuma, que trata de calmar a la población, resultando herido y muriendo poco después, ni la enérgica reacción de Cortés hacen que mejore la situación para los españoles, que se ven obligados a abandonar la ciudad en la noche del 30 junio. Recién el 13 de agosto de 1521, los españoles consiguieron la rendición de Tenochtitlán, a pesar de la tenaz defensa que de ella hace el nuevo emperador azteca, Cuauhtémoc (1496-1525). Hernán Cortés, nombrado capitán general, somete a todo el Imperio azteca y realiza expediciones a Yucatán y Honduras, que son anexionadas a Nueva España. El rey Carlos V implanta una sólida organización administrativa en estos territorios. Francisco Pizarro (1476-1541) es nombrado teniente de gobernador, regidor, encomendero y alcalde de Panamá, reuniendo una considerable fortuna y montando una hacienda común con Diego de Almagro (1475-1538), soldado, encomendero y negociante, como él. En 1524 ambos deciden invertir su dinero en la exploración del sudeste de Panamá, y
tratan de acrecentar su fortuna con las cabalgadas y rescates o trueques con los indios. Tras rehusar el mando de una expedición a Nicaragua, Pizarro forma la compañía del Levante (ejemplo clásico de las empresas privadas que, en gran parte, hicieron la conquista de América, en las que los socios invertían un capital y se repartían los beneficios) con Almagro y Hernando Luque (1470-1532), un clérigo del obispado de Panamá.
Un año después, Pizarro y Almagro emprenden dos viajes con un triple objetivo descubridor: extender los límites conocidos, buscar la unión de los dos océanos y enriquecerse con las cabalgadas, acompañadas de saqueos y razzias. A lo largo de 1526 a 1528, realizan una segunda expedición. En ella, los soldados son rechazados por los indios y sufren grandes penalidades. Bartolomé Ruiz (1498-1534) piloto de una de las naves, encuentra una balsa india en la zona incaica de Túmbez, primer síntoma de un país altamente desarrollado. La expedición alcanza la costa norte del Perú actual y descubre el Incario. Aunque no llegan a conocer su organización imperial, Pizarro y Almagro se enteran de las luchas internas entre Atahualpa (1497-1533) y Topa Cusi Huallpa "Huáscar" (1491-1532). Ante las posibilidades de aprovechar la guerra civil para facilitar la conquista, retornan a Panamá en busca de ayuda. Así, en 1529, Pizarro se traslada a España, donde es recibido por Carlos V, que le nombra gobernador, capitán general,
adelantado y alguacil mayor y se le concede la hidalguía. La reina firma la capitulación de la conquista de Nueva Castilla o Perú. El tercer viaje para la conquista del Perú a manos de Francisco Pizarro, Diego de Almagro y Hernando Luque se realiza en 1531, cuando salen de Panamá al mando de 180 hombres. Fundan San Miguel y toman Túmbez y, en 1533, la expedición llega a Cajamarca, donde se encuentra el inca Atahualpa, hijo bastardo de Huayna Cápac (1467-1525), que acaba de vencer a su hermano Huáscar, el inca legítimo. Aprovechándose de la guerra civil inca, los españoles logran dominar el país. Pizarro se apodera de Atahualpa en Cajamarca y lo manda ajusticiar. Tras la toma de Cuzco, capital del imperio, Pizarro nombra nuevo inca a Manco Cápac II (1500-1544). Se fundan varias ciudades: Jauja, Río de Bamba, Quito, Trujillo y Lima, mientras Diego de Almagro inicia la penetración en Chile. Durante 1537 y 1538 estallan los enfrentamientos y la guerra civil entre los conquistadores Pizarro y Almagro. Este es agarrotado por orden del primero, tras ser derrotado en la batalla de las Salinas. Por otra parte, las expediciones de Solís por el Río de la Plata atraen el interés hacia aquella región. Así, Pedro de Mendoza (1487-1537) inicia la exploración del territorio y lleva a cabo la primera fundación de Buenos Aires. Sin embargo, obligados por las malas condiciones del terreno, el hambre y el hostigamiento de los indios, Mendoza y sus hombres abandonan la ciudad, que será refundada en 1580 por Juan de Garay (1528-1583). Mientras tanto, el 15 de agosto de 1537, Domingo Martínez de Irala (1509-1556) funda Asunción.En 1540 se realiza la expedición de Pedro de Valdivia (1497-1553) a Chile, entonces llamada Nueva Extremadura y se funda en este territorio la ciudad de Santiago. Un año después, mientras los partidarios de Almagro asesinan a Pizarro como venganza del asesinato de su jefe, Francisco de Orellana (1511-1546) cruza el continente por la vía fluvial a través de los ríos Marañón y Amazonas.En 1543 comienza la sublevación de los indios araucanos en Chile, dirigidos por Caupolicán (1520-1557), quien enfrentaría a Valdivia en la batalla de Tucapel el 24 de diciembre de 1553, derrotándolo y tomándolo prisionero para matarlo tres días después. Desde su refugio en las sierras, Caupolicán infligió severas derrotas a las tropas españolas, hasta que fue apresado. Aunque intentó pactar con sus captores, fue asesinado en Cañete en 1557. Su muerte facilitó a los españoles la reconquista de buena parte del territorio, quienes al descubrir la ausencia de yacimientos mineros, fomentaron la colonización agrícola del territorio.Tras estos episodios, puede considerarse terminado el período de la conquista. Casi 75 años habían transcurrido desde que Colón imaginó alcanzar la India viajando al occidente. A partir de allí comienza la época colonial propiamente dicha, que se extendería por alrededor de 250 años.