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A su muerte, fue definido como una leyenda y un héroe, pero en realidad era un policía siniestro y un miserable chantajista que durante casi medio siglo mantuvo un régimen de terror y oscurantismo. Fue un feroz enemigo de todo aquello que "oliera" a comunismo, hostil al voto femenino, partidario de la pena de muerte, adversario de la integración racial, guardián de los valores tradicionales del país, opositor a las ideas liberales y perseguidor de homosexuales (a pesar de serlo él mismo).
Nunca en la historia de la humanidad, ni siquiera en la URSS, existió un aparato policial tan sofisticado como el FBI en los tiempos de Hoover, ni tampoco existió jamás en Estados Unidos, un hombre tan poderoso y tan temido como él. Fue un personaje tan sórdido, que incluso inspiraba miedo a los propios presidentes. Por lo menos cinco de ellos fueron abiertamente chantajeados por el director del FBI, empezando por Franklin Delano Roosevelt.
En un informe de 450 páginas, Hoover tenía documentación comprometedora sobre las presuntas actividades izquierdistas de Eleanor, la esposa del Presidente. También había reunido información sobre su militancia a favor de la integración racial y, sobre todo, sus aventuras extraconyugales. En el expediente figuraban una serie de romances -reales o imaginarios- con el escritor"comunista" Joseph Lash, con su chofer negro, con su médico y con dos dirigentes del sindicato de marinos.
También Dwight Eisenhower lo padeció. Hoover tenía información de primera mano sobre las relaciones de Eisenhower con Kay Summersby, la mujer que fue su asistente a partir de 1942. La aventura, que comenzó en Europa durante la guerra, prosiguió después en la Casa Blanca.
Desde que el clan Kennedy ingresó en la Casa Blanca, Hoover se encargó de hacerles saber que estaba al tanto de su complicidad con la mafia durante la campaña electoral. El chantaje continuó insinuando que conocía las relaciones que mantuvo John Kennedy durante la guerra con la periodista danesa Inga Arvard. El problema residía en que Kennedy formaba parte del departamento de Inteligencia Naval en Washington y que esa escandinava era una asistente habitual a los círculos nazis, era amante de Hermann Goering y había entrevistado en varias oportunidades a Hitler. Más tarde, Hoover sugirió que conocía las numerosas aventuras que tuvo Kennedy durante la campaña y, posteriormente, las "realaciones peligrosas" que vivió con Judith Campbell (ex amante del gángster de Chicago, Sam Giancana), Angie Dickinson y Marilyn Monroe. Con la complicidad de la mafia, pudo colocar micrófonos bajo los lechos de Judith Campbell y Marilyn Monroe para comprometer a John Kennedy. En 1975 se comprobó que Hoover tenía pruebas sobre las 32 aventuras que mantuvo Kennedy durante sus 1.000 días en la Casa Blanca.
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Lyndon B. Johnnson también ordenó la vigilancia telefónica del senador republicano Barry Goldwater -su adversario en la elección presidencial de 1964- y de los periodistas más hostiles a la escalada norteamericana en Vietnam, en particular el presentador de televisión Walter Cronkite y el célebre comentarista del "New York Times", Joseph Kraft. Richard Nixon intentó apelar al FBI durante el escándalo de Watergate, que estalló poco después de la muerte de Hoover, pero no obtuvo la ayuda que deseaba. Ese sórdido episodio, que finalmente obligó a Nixon a dejar la Casa Blanca en condiciones humillantes, también devoró a Patrick Grey, el sucesor de Hoover. El nuevo director del FBI fue incapaz de manejar su primera crisis política con la destreza que había demostrado Hoover durante 48 años para sobrevivir al frente de la organización más poderosa de Estados Unidos.