Así, sucesivamente se fundaron, en ambas orillas del río, la Staré Mesto (Ciudad Vieja), entre los siglos XI y XII; el Malá Strana (Barrio Chico), en el siglo XIII; Hradcany, en la colina del asentamiento original, a comienzos del siglo XIV; y la Nové Mesto (Ciudad Nueva), a fines del mismo siglo. En esta época el área urbana del conjunto de ciudades era la mayor del continente europeo y sede del Sacro Imperio Romano Germánico bajo el reinado del emperador Carlos IV, quien fundara allí la Univerzita Karlova (Universidad Carolina) en 1348, una de las instituciones de enseñanza más antiguas y prestigiadas de la Europa central.
No fue sino hasta el año 1784 cuando las cuatro ciudades quedaron integradas políticamente, aunque de hecho ya formaban una sola desde la Edad Media, incluyendo dentro de su perímetro la fortaleza del Castillo de Praga, el recinto real original y el baluarte de Vysehrad, también residencia de la realeza, en la margen oriental del río. Con el advenimiento de la Revolución Industrial, durante el siglo XIX creció alrededor de ese núcleo una quinta ciudad: los suburbios industriales, a los que se añadieron los barrios residenciales construidos durante la administración socialista de la posguerra.
A la Ciudad Vieja se entra por la puerta de la Prasná brána (Torre de la pólvora), construcción gótica que data de 1475 y por cuyos umbrales pasaban tradicionalmente las procesiones de la coronación de reyes y emperadores. En la Ciudad Vieja se encuentran edificios de gran valor histórico y arquitectónico como el Staroměstský orloj (Reloj astronómico), construido en 1410, y el Stavovské divadlo (Teatro estatal), en cuyo escenario Mozart estrenó en 1787 su ópera "Don Giovanni". Allí está también la Betlémská kaple (Capilla de Belén), donde a partir de 1402 predicó sus revolucionarias ideas Jan Hus.
Jan Hus, precursor de la reforma protestante, nació en 1369 en Husinetz, al suroeste de Bohemia, en el seno de una familia campesina pobre. Sin embargo, siendo muy aplicado en sus estudios, consiguió estudiar Teología y Artes en la Universidad de Praga, donde en 1393 recibió el grado de Bachiller en Artes y en 1396 el grado de Maestro en Ciencias y Humanidades. Ordenado sacerdote en 1400, al año siguiente fue nombrado decano de la Facultad de Teología y luego asumió como rector de la Universidad, apoyado por el sentimiento particularista checo frente a la dominación germánica.
Aunque en 1403 la autoridad eclesiástica proscribió cuarenta y cinco proposiciones de Wycliffe por considerarlo un hereje, Hus tradujo su "Trialogus" (Triálogo entre la Verdad, la Mentira y la Prudencia) al checo y ayudó a su distribución. Pronto, Hus fue llamado por el arzobispo Zbynek Zajíc (1376-1411), quien le prohibió predicar excepto en la catedral, la parroquia y los claustros de las iglesias. Hus clamó desde el púlpito contra estas medidas y junto con sus simpatizantes de la universidad envió una protesta a Juan XXIII (1370-1419), el considerado antipapa por la Iglesia Católica durante el llamado Cisma de Occidente.
Convertido en un auténtico mártir y héroe nacional, su ejecución provocó la indignación de sus seguidores y, cuatro años más tarde, cuando Segismundo intentó proclamarse rey de Bohemia, estalló una revuelta encabezada por los husitas, los que controlaron la mayor parte del país entre 1419 y 1478, realizando incursiones hasta Nüremberg, Sajonia, Brandenburgo, Danzig y el norte de Austria. El ala husita más extremista (los taboritas) fue finalmente derrotada, pero se fundió con otra corriente herética procedente de Francia e Italia (los valdenses) y, bajo el nombre de Hermanos Moravos, ha pervivido hasta la actualidad; por su parte el ala husita moderada (los utraquistas) llegó a un acuerdo con los católicos, que permitió el reconocimiento de la Iglesia Checa o Utraquista con ciertas especificidades litúrgicas.
Jan Hus no fundó ni pretendió nunca fundar otra iglesia, ni tampoco fue un reformador como lo sería Martin Lutero (1483-1546) algunos años más tarde. Dueño de una elocuencia oratoria sumamente expresiva, se dedicó a denunciar la corrupción del alto clero y el negocio de las indulgencias, a negar la infalibilidad papal, a condenar la adoración de las imágenes y a criticar la fornicación, la usura y la brujería. Y, dentro de su puritanismo, hasta exigió la prohibición oficial de la danza.
En medio de la crisis institucional que atravesaba la Iglesia Católica por entonces, provocada por la existencia de tres papas (Urbano VI en Roma, Clemente VII en Aviñón y Juan XXIII en Pisa), fue creciendo el abismo entre la imagen real de la Iglesia y la imagen ideal de los "Hechos de los Apóstoles". Este hecho provocó en Hus cierto regreso hacia el cristianismo primitivo y el texto de las Sagradas Escrituras se convirtió para él en el criterio único de la verdad. Entretanto, el emperador Segismundo había dispuesto que los cristianos europeos no obedecieran bula papal alguna.
