Al morir su padre, en 1799, la herencia que recibe le permite abandonar su función de preceptor, para consagrarse enteramente a tus trabajos personales. Se dirige a Jena, donde Schelling enseñaba desde 1796, y publica su primera obra "Diferencia entre los sistemas de Fichte y Schelling", en julio de 1801; al mes siguiente sostiene su tesis de habilitación "De orbitis planetarum", concebida conforme con el espíritu de la física especulativa, a la sazón de moda. Pudo comenzar así su primer curso como docente privado en octubre de 1801, siendo nombrado -en 1805- profesor extraordinario titular, con una remuneración muy módica.
En sus cursos, que modifica todos los años, Hegel afina cada vez mejor su doctrina personal, y se aleja poco a poco de Schelling. La ruptura se hace definitiva cuando aparece su primera gran obra, "La Fenomenología del Espíritu", que termina en octubre de 1806, durante la batalla de Jena. Las perturbaciones causadas por la guerra le quitan toda esperanza de ser designado titular en su Universidad, en la que, por lo demás, le pagaban muy poco; por lo que, casi sin recursos, renuncia a su cátedra y acepta el cargo de jefe de redacción de la "Gaceta de Bamberg", que ocupó desde marzo de 1807 a noviembre de 1808.
En ese momento, su amigo Niethammer, entonces inspector general de enseñanza de Baviera, lo hace nombrar director y profesor de filosofía en el Liceo de Nuremberg. Ejerció estas funciones desde 1808 hasta 1816. Durante su estada en Nuremberg se casó -en 1811- con la hija de un patricio de la ciudad, con la que tuvo dos hijos, y allí también publicó su obra más importante, "La ciencia de la lógica" (1812-1816). La notoriedad que le valió este libro le aseguró un nombramiento de profesor titular en la Universidad. Lo obtuvo, primero, en 1816 en Heidelberg, donde completo su sistema al resumirlo en "La enciclopedia de las ciencias" (1817). Finalmente es nombrado en la Universidad de Berlín para ocupar la cátedra que la muerte de Fichte había dejado vacante durante cuatro años. Comienza sus cursos en octubre de 1818 y ejerce hasta su muerte, desplegando una considerable actividad no solo como profesor -dicta diez horas de cursos semanales-, sino también como encargado de múltiples tareas, presidiendo mesas examinadoras, pronunciando discursos, redactando informes oficiales e, incluso, ocupando durante un año el rectorado. Sólo se da descanso en las vacaciones, durante las cuales emprende, a veces, largos viajes, el último de ellos, en 1827, a París.
Hegel se encuentra entonces en el apogeo de su carrera. Tiene más de cien oyentes en sus cursos, y reúne muchos discípulos, algunos de los cuales son hombres de edad madura ya célebres. Protegido por el ministro Altenstein y el director de enseñanza superior Schulze, puede regentear durante cierto tiempo las cátedras de filosofía de las facultades prusianas. Pero está lejos de haber desempeñado el papel de "filósofo del Estado" que, tan a menudo, se le ha atribuido. Si bien era protegido por la burocracia prusiana, nacida de las reformas de Stein, era muy sospechoso en la Corte, y los viejos conservadores no se habían mostrado más satisfechos que los liberales, por su "Filosofía del Derecho", la última gran obra que publicó en 1821. La Iglesia luterana, después de 1827, lo juzga peligroso, y la Academia de Berlín le cierra sus puertas.
Hegel fue una de las últimas víctimas de la epidemia de cólera que hizo estragos durante el verano y el otoño de 1831. Murió en pocas horas, cuatro dias después de haber reanudado sus cursos, el 14 de noviembre de 1831. Los únicos autorizados para pronunciar discursos ante su tumba fueron el rector Marheineke -pastor y profesor de teología- y su amigo Förster.
Un pasaporte francés, extendido en 1800, nos describe el físico de Hegel en estos términos: "Edad: 30 años; talla: 5 pies, dos pulgadas (1,67 m. aproximadamente); cabellos y cejas castaños, ojos grises, nariz mediana, boca mediana, mentón redondo, frente medianía, rostro oval". Sus mismos discípulos reconocían que no tenía nada de seductor ni de imponente con su rostro pálido de rasgos desdibujados, caídos y como abotagados; con su actitud descuidada en la cátedra, en la que se dejaba caer cansadamente, la cabeza inclinada hacia abajo, la palabra siempre vacilante, interrumpida sin cesar por el carraspeo, la voz sorda y el fuerte acento suabo. Le disgustaba que le preguntaran, fuera de su curso, sobre puntos de su doctrina y sólo respondía con gestos vagos o remitía a sus libros. Más que las sabias conversaciones prefería, a menudo, la compañía de burgueses sin cultura con quienes le gustaba jugar al whist. En desquite, pasaba noches enteras preparando sus cursos o escribiendo a la luz de una lámpara de aceite.
Se ha dicho que Hegel es el Aristóteles de los tiempos modernos. En efecto, su doctrina es el sistema más completo y, sin duda, el más profundo que un filósofo jamás haya concebido. Hegel ha tenido gran influencia en la Filosofía Contemporánea, especialmente en Karl Marx y sus epígonos. Sus obras están escritas en lengua alemana.